Unter dem Einfluss Johann Heinrich Wicherns, dem Begründer des Rauhen Hauses - einem Rettungshaus in Hamburg - entstand in Schwarzenbach an der Saale im Jahr 1853 das Rettungshaus "Marienberg", das den Namen seiner hohen Protektorin, ihrer Majestät der Königin Marie, erhielt. Staatliche Organe und christliche Persönlichkeiten begründeten eine Anstalt für gefährdete und sozial benachteiligte Kinder, denen man aus christlicher Verantwortung heraus Hilfe vermittelte.
Über Jahrzehnte entwickelte sich das Rettungshaus zum Kinderheim Marienberg, in dem nun Kinder aus ganz Bayern und aus allen möglichen Notlagen kommend ein Daheim fanden und versucht wurde, ihnen das Elternhaus zu ersetzen. Die Hauseltern unterhielten einen kleinen landwirtschaftlichen Betrieb, der den Kindern die Möglichkeit der Betätigung, den Betreibern die Grundlage dafür, das "Verpflegungsgeld" niedrig zu halten und darüber hinaus durch Zukäufe von Grundstücken die Möglichkeit zur Erweiterung des Besitzes des Rettungshauses bot.
1963 kam es zu einem ersten größeren Paradigmenwechsel für die Einrichtung: Immer weniger waren es Waisenkinder, die pädagogische Betreuung und Förderung brauchten, vielmehr gab es große Probleme in der Beschulung und Begleitung lernbehinderter Kinder. Diese Zielgruppe fand schwerpunktmäßig Aufnahme in einem neuerrichteten Wohnheim, das inzwischen an die Stelle des alten Rettungshauses getreten war. Gleichzeitig wurde - um eine enge Verzahnung von Schule und Erziehung zu erreichen - eine Sonderschule für Lernbehinderte auf dem Gelände der Stiftung Marienberg errichtet.